No final dos anos 90, o campus da USP em São Carlos começou a sentir os primeiros reflexos da falta de espaço físico. Localizado na região central da cidade - com 32 hectares -, a área, a cada ano, foi ficando limitada a grandes construções. De início, a idéia era encontrar um terreno próximo, para o qual pudessem ser transferidos alguns serviços da universidade. No entanto, com a aprovação do curso de Engenharia Aeronáutica, no início de 2001 e a possibilidade de implantação de outras carreiras na USP-São Carlos, tiveram início as tratativas para que fosse criado um novo campus no município. A decisão foi corroborada pelo Programa de Ampliação de Vagas e Criação de Novos Cursos do Governo do Estado.

Um grupo foi designado pelo reitor para o estudo e execução dessa expansão. Os trabalhos começaram em maio do mesmo ano, com o objetivo de encontrar uma área que não representasse custos à universidade. Com a divulgação na imprensa da proposta de um novo campus, além de São Carlos, Prefeituras, Câmaras Municipais e proprietários particulares da região passaram a oferecer áreas.

Encerrado o prazo para ofertas, em agosto começaram as análises de cada área. No total, foram 14 propostas: cinco delas em São Carlos, uma na divisa com o município de Ibaté e outras oito em cidades da região (Araraquara, Batatais, Brotas, Descalvado, Leme, Matão, Porto Ferreira e Mococa). Para que a seleção fosse feita de modo fundamentado dos pontos de vista técnico, urbanístico e econômico os membros do grupo elaboraram uma série de critérios de pontuação, entre os quais estavam: dimensão da área, distância do atual campus, acessibilidade, presença de fontes poluentes, infra-estrutura, topografia e impacto ambiental.

No dia 11 novembro de 2001 o então reitor Jacques Marcovitch anunciou a área melhor classificada, com 73 hectares, a 4 km do atual campus e oferecida pela empresa Novo Tema Empreendimentos Ltda, através da Prefeitura Municipal de São Carlos.

Em janeiro de 2002 a reitoria da USP criou duas comissões para atuarem junto ao novo campus: uma com o objetivo de cuidar do projeto acadêmico e outra com a função de elaborar o Plano Diretor e desenvolver a estrutura administrativa do Campus - Área 2.

Com a assinatura da escritura de doação da área e liberação de três milhões e vinte mil reais do Governo do Estado, no dia 8 de agosto de 2002, tiveram início as primeiras obras de implantação. Neste dia, começou a perfuração para estacas do Galpão de Apoio. Depois foram sendo executados outros serviços como: sondagem do solo - para definição de sua formação geológica -, terraplanagem de algumas vias de acesso e da rotatória principal e cercamento da área.

Paralelamente começavam a ser desenvolvidos os projetos dos prédios do Curso de Engenharia Aeronáutica e do sistema viário total do campus.

Com uma significativa área de preservação ambiental, em torno de 30% do terreno, os investimentos também se voltaram para a recuperação da reserva legal e das ATPs.

No dia 21 de fevereiro de 2003, o Campus 2 ficou maior. Representantes das empresas Faber Castell e Sobloco assinaram escritura doando 5,8 hectares à Universidade (totalizando 78 hectares). A área incorporada - na divisa sul - possibilitou o aumento dos espaços edificáveis e a adequação do projeto viário interno com a avenida de acesso ao campus. Para o local também está projetada a construção do Centro de Convenções da USP-São Carlos.

Em 2004, outro terreno, também doado pela Novo Tema Empreendimentos, foi incorporado a área, que passou para 102,4 hectares.

O primeiro prédio didático concluído foi o do curso de Engenharia de Computação. A inauguração aconteceu em 15 de janeiro de 2005 em uma cerimônia que contou com a presença de diversas autoridades, entre elas o Governador do Estado, Geraldo Alckmin, e o Reitor da USP, Adolpho José Melfi. Cerca de um mês depois, o Campus - Área 2 recebia os primeiros alunos. No mesmo ano, em 4 de novembro, o governador do Estado de São Paulo, Geraldo Alckmin, descerrou a placa de inauguração oficial do Campus – Área 2.